Сюжет аниме «Ателье Райзы: Королева тьмы и тайное пристанище» начинается с того, что девушке по имени Райза надоедает спокойная жизнь в родной деревня. Юная красавица жаждет приключений, ей удается создать команду единомышленников. Вместе ребята отправляются навстречу неизведанному.
Их цель – остров за берегом, на котором, согласно легендам, обитают ужасные монстры. Это не пугает смельчаков, и они отправляются в путь. Но герои не могли предположить, что ждет их на самом деле. Встреча с алхимиком и его телохранительницей переворачивает жизнь Райзы, которая начинает изучать алхимию.